Ciao, confermo che fare il wipe di /system corrisponde ad eliminare il sistema operativo, quindi seleziona tutto tranne quello, puoi anche conservare "internal storage"
Nel dettaglio:
il wipe di data cancella i dati delle applicazioni (corrisponde al cosiddetto reset "di fabbrica", ovviamente si mantiene la ROM corrente)
il wipe di internal storage cancella i dati in memoria (foto, video, downloads ecc.), come già detto puoi conservare questi dati
il wipe di cache e dalvik - anche se fondamentale - non ha effetti visibili