È uguale, app di sistema o utente tutte allo store fanno riferimento per gli aggiornamenti, quindi dipendono dalle impostazioni dello store se aggiornarsi o no automaticamente, per esempio nel mio caso di sistema ho le applicazioni quali galleria, orologio, archivio eccetera che secondo il vostro ragionamento si dovrebbero aggiornare da sole allora, ma non è così, se imposto nello store di non aggiornare automaticamente non si aggiornano, poi ci sono alcune app che fanno eccezzione e si aggiornano in automatico ma son casi rari, tipo il google play store o il google play services per esempio, ma la tastiera gboard non è tra queste siccome può essere installata anche come app utente dal google play store, di solito le app che si aggiornano in automatico sono app che non dipendono e quindi non trovi sul google play store, quindi morale della favola, prova a fare come ti ho detto io non ti costa nulla, puoi anche disinstallare l'aggiornamento del google play store e poi aspettare che venga riaggiornato per poi riconfigurarlo se ti è piu comodo perche in entrambi i casi si cancellano i dati, ma forse una reinstallazione è piu efficace.