Si, se flashi la rom da recovery, allora radio e bootloader rimangono invariati proprio perché indipendenti dalla rom.
Se hai voglia di mettere prima la factory ti è utile per fare pulizia totale, visto che con Lollipop è cambiato parecchio, se proprio non ne hai voglia allora un full Wipe è obbligatorio prima del flash dello zip della rom.