Non è il root che ti fa perdere i dati ma lo sblocco del bootloader ... Per capirci meglio se avessi già il bootloader sbloccato (quello va fatto come prima operazione) allora il flash del root e la recovery modificata non ti cancellano i dati.
Col root poi devi aggiornare manualmente altrimenti perdi sia il root che la recovery modificata e saresti costretto a rifare la procedura.
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